ככלל, הטיפול הרפואי הניתן בחדרי מיון כרוך בתשלום על פי התעריפון משרד הבריאות ובתשלומים בעד שירותים שונים. זאת לפי סעיף 29 בתוספת השנייה לחוק ביטוח בריאות ממלכתי, השתתפות הכספית העצמית של המבוטח על-פי הסעיף שהוזכר מתייחסת לשני מרכיבים:
א. תשלום אגרת מיון,
ב. מימון טיפול בחדר המיון.
עם זאת קיימים מקרים בהם יש פטור מלא או שיש לשלם אגרת מיון בלבד כמפורט:
המקרים בהם ניתן פטור מלא - הן מתשלום האגרה והן מתשלום עלות הטיפולים
1. מבוטח שפנה לחדר מיון עם מכתב רפואי ו/ או עם "טופס 17", ולא אושפז.
2. מבוטח שאושפז גם אם לא היה בידו מכתב רפואי ו/ או "טופס 17".
3. נפגע עבודה, שבידו אישור ממעבידו (טופס 250) על פגיעה בעבודה.
4. נפגע תאונת דרכים, שימציא אישור מן משטרה על התאונה.
5. תלמיד, שנפגע בבית הספר, או בטיול של בית הספר ("תאונת בית הספר"), ובידו אישור מבית הספר.
6. מבוטח שהופנה לחדר מיון בבית חולים כללי, לפי הוראה של פסיכיאטר מחוזי או על פי צו של בית משפט בהליך פלילי, לפי חוק טיפול בחולי נפש.
7. מבוטח שפנה או הופנה לחדר מיון בבית חולים פסיכיאטרי.
8. מבוטח שפנה לחדר מיון במקרים כדלקמן:
א. כל שבר חדש.
ב. פריקה חריפה של כתף או מפרק.
ג. פציעה הדורשת איחוי על ידי תפירה או אמצעי איחוי חלופי.
ד. שאיפת גוף זר לדרכי הנשימה.
ה. חדירת גוף זר לעין.
ו. טיפול במחלות סרטן.
ז. טיפול במחלת המופיליה.
ח. טיפול במחלת סיסטיק פיברוסיס -C.F.
ט. אישה עם צירי לידה.
י. מי שפונה לבית חולים על-ידי אמבולנס מד"א, מהרחוב או ממקום ציבורי אחר עקב אירוע פתאומי.
יא. תינוקות עד גיל חודשיים הפונים עקב הופעה פתאומית של חום גבוה (מעל 38.5 מעלות צלזיוס)
יב. חולי דיאליזה.
י"ג. מבוטח נפגע אלימות במשפחה או נפגע תקיפה מינית, רק במקרה בו התברר כי הפניה מוצדקת מבחינה רפואית.
המקרים בהם יש חיוב ב''אגרת מיון'' בלבד (לפי תעריפון משרד הבריאות)
1. הפונה לחדר מיון בשעות 06:00 – 01:00 למעט מי שחלים עליו סעיף 6 א'-יב' שפורטו לעיל.
2. במקרים בהם התברר בדיעבד כי ההפניה הייתה מוצדקת מבחינה רפואית.
טיפולים יזומים ומתוכננים (אלקטיביים) בחדר מיון
נסיעה לחדר מיון באמבולנס רגיל או אחר (נט''ן, שח''ל, נטלי ודומה)
- פנייה דחופה של מבוטח למיון - פניה דחופה של מבוטח לחדר מיון בבית חולים כללי אינה מוגבלת לבתי חולים מסוימים, ולפיכך אינה כפופה להסכמים למתן שירות או להסדרי בחירה של הקופות.
- "אגרת מיון'' - מבוטח שפנה לחדר מיון על דעת עצמו, יביא למזכירות הקופה סיכום מחלה מחדר מיון וקבלה המעידה על תשלום. אם הפנייה למיון תמצא מוצדקת, הקופה תשלם טופס התחייבות לבית החולים והמבוטח יחויב לשלם אך ורק ''אגרת מיון'' לפי החוק.
- הקופה המבטחת אינה נושאת בהוצאות עו''ד או הוצאה לפועל במקרה שהמבוטח לא פנה אליה ולא טיפל בזמן בהנפקת התחייבות לחדר מיון.
תושב מדינת ישראל רשאי להגיש תלונה נגד קופת חולים, נותן שירותים שלה או כל מי שפועל מטעמה, בכל הקשור למילוי תפקידיהם לפי החוק. התלונה תוגש בכתב ל
נציבות קבילות הציבור.