טיפול שורש כולל ניקוי יסודי והכנה של תעלות השורש ומילוין על פי עקרונות ביו-מכאניים באופן הרמטי ככל שניתן, כך שזיהום לא יעבור מחלל הפה לקצה השורש.
טיפול שורש נעשה בשן אשר המוך שלה נפגע בצורה בלתי הפיכה מזיהום בעקבות עששת, חבלה או כל גורם אחר.
בטיפול משתמשים בפוצרים קטנים מפלדה או מטיטניום, להוצאת שאריות מוך השן ולהחלקת התעלות (מחילות) בהן היה מוך השן. התהליך מלווה בשטיפות מתמידות לחיטוי ולסילוק שאריות השיוף מתוך השן המטופלת.
במהלך ביצוע הטיפול עומדים בפני רופא השיניים מכשולים שונים: אנטומיה בלתי צפויה של השיניים (שורש עקום, תעלות צדדיות וצרות ומספר של תעלות בשן השונה מהרגיל בשן זו), בעיות ביו-מכניות במילוי השורש באופן הרמטי ומכשור אשר עדיין לא הגיע לשלמות הפיתוח. נוסף על כך, ישנה בעיה בטיפול בזיהומים עקשניים באזורים שלא תמיד אפשר להגיע אליהם והתפתחות של חיידקים עמידים לאנטיביוטיקה. טיפול שורש מהווה ניסיון להצלת השן מעקירה, עם סיכויי הצלחה של קרוב ל-80%. במידה והטיפול לא מצליח לעיתים ניתן לחדש את טיפול השורש אצל מומחים לאנדודונטיה או לפנות פונים למומחים לכירורגיה לשם ביצוע טיפולים ניתוחיים מתקנים על מנת להימנע מעקירת השן.
למילון מונחים בתחום בריאות השן