משרד הבריאות אמון על קביעת מדינות תקציבית ויישומה. המשרד מתמחר ומתקצב שירותים, אחראי על ניהול אשראי לבתי החולים הממשלתיים מפקח על מחירי התרופות, פועל להסרת חסמים למעבר בין קופות החולים וחותר לצמצום פערים בבריאות.
אגפי משרד הבריאות האחראים על נושא התקציבים והתעריפים:
