יו"ר המרכז
בראש המרכז הלאומי להשתלות עומדת אישיות רפואית בכירה מאוד, הממונה על-ידי שר הבריאות.
יו"ר המרכז הנוכחי הוא פרופ' רפאל ביאר, מנהל המרכז הרפואי רמב"ם בחיפה.
ועדת היגוי
את מדיניות המרכז מתווה ועדת היגוי, בראשה, יו"ר המרכז והיא כוללת את בכירי המשתילים, נציגים מתחום הפסיכולוגיה, המשפט, האתיקה והעמותות, ממתינים להשתלה ומושתלים.
תפקידי הוועדה הם: קביעת מדיניות הקצאת איברים, ישום ופיתוח תוכניות לקידום תרומות והשתלות וקיום מנגנון של בקרת איכות.
ועדות איברים
בצד ועדת ההיגוי, מפעיל המרכז ועדות יעודיות לאיברים (ועדת לב וריאות, ועדת כבד וועדת כליות). אלו ועדות מקצועיות שחבריהן הם מומחים בתחום ההשתלות ותפקידן להמליץ לוועדת ההיגוי בנושאי הקצאת איברים, נהלים, תוכניות לקידום השתלות ובקרת איכות.
ועדת בקרת איכות
יו"ר הוועדה הוא יו"ר ועדת ההיגוי ושניים מחבריה הם רופאים החברים בוועדת היגוי, זאת על-פי חוק השתלת איברים התשס"ח.
תפקידי הוועדה לבחון את איכות הפעילות הרפואית של מרכזים רפואיים מורשים בתחום הנצלת איברים והשתלת איברים.
רופא מבקר
זהו רופא מומחה שתפקידו לבצע בקרת תהליכים, החל משלב איתור המועמדים לתרומה, דרך תהליך התרומה ועד לניתוחי ההשתלה.
מתאמת השתלות ארצית
מתאמת ההשתלות הארצית במרכז, היא אחות, הממונה על הביצוע בפועל של מדיניות המרכז לגיוס תרומות האיברים, לתיאום הניתוחים להוצאת האיברים, תיאום ניתוחי השתלה וכל נושא הקשור לביצוע המעשי של תרומות והשתלות בבתי החולים. מתאמת ההשתלות הארצית פועלת ישירות מול מתאמות ההשתלה בבתי חולים בכל שעות היממה.
יועץ רפואי ארצי
במסגרת המרכז פועל יועץ רפואי ארצי, שתפקידו לייעץ ולאשר מועמדים לתרומה, ליזום הכנה ועדכון של פרוטוקולים טיפוליים, להדריך צוותים לטיפול בתורמים ולתת מענה 24 שעות ביממה לצוותים הרפואיים מכל בתי החולים.