הבטחת איכות במשרד הבריאות נועדה להוביל פעילות לקידום האיכות והבטיחות במערכת הבריאות ולבסס את אמון הציבור במחויבות משרד הבריאות לקידום השירות ואיכות הטיפול.
הפעילות נעשית תחת אחריות האגף להבטחת איכות וכוללת מבדקי איכות, בירור וניתוח מידע ביחס לפטירות ואירועים מיוחדים, קידום בטיחות מטופל ואיכות הטיפול, שיפור התפקוד ורמת השירות של יחידות המשרד, בירור אירועים של רשלנות רפואית, מתן מענה לפניות ותלונות הציבור, מתן מידע על-פי חוק חופש המידע.
