למרות התקדמות הרפואה, שיעור התחלואה הנגרם ע"י זיהומים חיידקיים ופטרייתיים עדיין גבוה מאוד. מחלות זיהומיות היו הגורם ל 14.9 מיליון מקרי מוות בשנת 2002, יותר מאשר מחלות סרטניות ( 7.1 מיליון) וקרוב לתמותה ממחלות לב וכלי דם (16.9 מיליון). בנוסף, גובר האיום על בריאות הציבור עקב התפתחות סוגים חדשים של חיידקים מחוללי מחלות, עמידותם ההולכת וגוברת לתרופות, התפשטות מהירה של מחלות כתוצאה מניידות אוכלוסיות ואיומי הטרור הביולוגי.
כיום, בעזרת מחקרים המשתמשים בטכניקות הגנומיות המתקדמות, ניתן למצוא דרכים חדשות לאבחון המחלות, לגלות גנים האחראים לאלימות החיידקים והפטריות וכן לזהות מטרות חדשות לטיפול במחלות ומניעתן.
בניגוד לפרויקט הגנום האנושי שקיבל סיקור תקשורתי נרחב והתייחסות גלובלית, המחקר בגנום של חיידקים ופטריות עדיין אינו ממוקד. כדי לקדם מחקרים כאלה הוחל שיתוף פעולה ארגוני בין קרנות מחקר ממספר מדינות באירופה הנקרא ERA-PathoGenoMics ופועל במימון האיחוד האירופי. מטרת הארגון הינה לקדם את חילופי המידע, לבנות פרויקטים מחקריים בתחום וליצור את התשתית הארגונית לשיתופי פעולה בין חוקרים בשטח חשוב זה.
לשכת המדען הראשי של משרד הבריאות מייצגת את ישראל בארגון זה. משימה מרכזית של הנציגות הישראלית בפרויקט זה היא להביא את דבר המחקר הרפואי בגנומיקה של חיידקים ופטריות מחוללי מחלות באדם אל הציבור הרחב.
