הטיפול בפניות ותלונות הציבור וכן בבקשת מידע לפי חוק חופש המידע במשרד הבריאות, נעשה על-ידי המחלקה לפניות הציבור באגף להבטחת איכות. הטיפול בפניות הציבור הוא פרטני בפניות ובתלונות הציבור וככלל, התשובה אשר נשלחת לפונה כוללת את אופן הטיפול בתלונה, את ממצאי הבדיקה והבירור, הסברים, עמדת הגורם אשר בדק את התלונה ו/או עמדת החוק בנושא.
פניות הציבור מטופלות ביחידות יעודיות על-פי החלוקה הבאה: