הנציב חוקר אירועים בהם התרחשה, לכאורה, רשלנות בטיפול בבית החולים או בקהילה, במסגרת הרפואה הציבורית והרפואה הפרטית. ניתן לפנות לנציב כאשר לפונה יש טענה כלפי מוסד או כלפי איש מקצוע הבריאות (רופא, אחות, פיזיותרפיסט, מרפא בעיסוק ועוד) בגין חשד לרשלנות רפואית (תלונות כלפי יחס איש מקצוע הבריאות מטופלות במחלקה הכללית).
הפניות לבדיקת האירוע מגיעות מהציבור או מגורמים שונים בתוך משרד הבריאות. האירועים מתבררים לפי העניין מול המתלוננים, הנפגעים, הגורמים נגדם הוגשה התלונה ואנשי מקצוע הבקיאים בתחום. הבירור נעשה באמצעות מכתבים ושיחות הבהרה או באמצעות ועדות בדיקה הממונות ופועלות על פי חוק זכויות החולה. בתום הבירור נשלח מכתב מסכם הן למתלוננים והן לגורמים אשר נגדם הוגשה התלונה. במכתב המסכם נמסרות מסקנות הבדיקה והמלצות הנציב.
