כלל הבקרות במשרד הבריאות מתבצעות בצוות רב-מקצועי על-פי כלי בקרה מובנים בכל תחום ותחום. בשנים האחרונות הושם דגש מיוחד על רצף טיפולי, נגישות וזמינות השירות, קידום בריאות וצמצום פערי בריאות.
בקרות בתחום הפיזיותרפיה נעשות בבתי חולים כלליים, פסיכיאטריים ושיקומיים, במוסדות ובבתי חולים גריאטריים ובשירותי הפיזיותרפיה בקהילה, לרבות מכונים, יחידות לטיפולי בית וביחידות להתפתחות הילד. הבקרות מתקיימות במוסדות ממשלתיים, ציבוריים ובקופות החולים, לרבות שירותים במיקור חוץ, כולל בריכות טיפוליות.
הבקרות וכלי הבקרה בתחום הפיזיותרפיה מתבססים על נהלים מובנים שפורסמו. בין היתר נבדקים :
ארגון וניהול השירות
ניהול משאבי אנוש, תעודות מקצוע והכשרה המשכית
ניהול הרשומה הרפואית - המשקף את תהליך מתן הטיפול ואת ההחלטות המקצועיות שהתקבלו.
תשתיות פיזיות וציוד
טפסי בקרות