תפקידה של המחלקה הוא למפות סיכונים בריאותיים בעבודה, לרכז את העיסוק בתחום מנקודת הראות של משרד הבריאות.
המחלקה קובעת מדיניות ומוציאה הנחיות למעסיקים, לקופות החולים ולמשרד העבודה.
המחלקה שמה דגש מיוחד על עובדי מערכת הבריאות.
