חטיבת הבריאות, בראשות המשנה למנכ"ל, עוסקת בתיאום מדיניות מקצועית, קידום בריאות ורפואה מונעת מול הגורמים הרלוונטים במשרד ומחוצה לו.
החטיבה כוללת את הגופים הבאים:
- מינהל הרפואה (כולל אגף רפואה וכל היחידות הכפופות לו)
- מינהל טכנולוגיות
- שרותי בריאות הציבור
- האגף להבטחת איכות
- האגף לשעת חירום
- המכון הרפואי לבטיחות בדרכים
הלשכה מרכזת את העבודה מול הכנסת והממשלה בתחום הבריאות:
- מענה לשאילתות של חברי כנסת
- הצעות לסדר של הכנסת
- מתן מענה ומידע למרכז מידע ומחקר של הכנסת
- החלטות ממשלה
