פעילות האגף מבוצעת בתחומים הבאים:
תחום הבקרה על קופות החולים - סל השירותים הבסיסי
- בחינת העמידה של הקופות בהוראות החוק לרבות בעניין מתן שירותים למבוטחים, ולמעט עניינים הנוגעים לאיכות השירות הרפואי.
- אישור ועמידת הקופות בתקציבים (תקציבים שוטפים, תקציבי פיתוח ותקציבי פרסום).
בקרה על הדוחות הכספיים השוטפים, דוחות תזרימי מזומנים ופיקוח אחר, איתנותן הפיננסית של הקופות
- הוצאת דוחות תקופתיים השוואתיים בין הקופות.
הסדרת הדיווח הפיננסי של קופות החולים.
פיקוח על תוכניות הגבייה של קופות החולים מהציבור.
עמידה בתוכניות ההבראה וריכוז עבודת המטה בכל הקשור לתוכניות הייצוב ומבחני התמיכה לחלוקת כספים לקופות החולים.
הסדרת החזקות קופות חולים בתאגידים לפי סעיף 29 לחוק ביטוח בריאות ממלכתי (1994).
תחום הבקרה על התוכניות לשירותי בריאות נוספים (שב"ן ביטוח משלים) של הקופות על ידי:
- קביעת קווי היסוד והנחיות לקופות בנושא תוכניות השב"ן.
- אישור תוכן תוכניות השב"ן ובקשות לשינויים.
- פיקוח על דרכי הפרסום של תוכניות השב"ן ונהלי צרוף מבוטחים אליהן.
- פיקוח כספי שוטף על תוכנית השב"ן.
- פיקוח על תעריפי תוכניות השב"ן ואישור כל שינוי בהם.
- למידע נוסף של האגף לפיקוח על הקופות ושירותי בריאות נוספים
