יחידות המטה המקצועי מספקות מעטפת תומכת לפעילות השוטפת של המשרד.
הלשכה המשפטית מספקת יעוץ משפטי לשר ולהנהלת המשרד, יוזמת ומקדמת הליכי חקיקה של המשרד ומופקדת על הכנת תקנות וצווים היוצאים מאת שר הבריאות. הלשכה גם נותנת יעוץ שוטף לאגפי המשרד.
החשבות מבצעת, מפקחת ומבקרת את הפעילות הכספית והתקציבית, ומסייע בגיבוש וניהול התקציב ביעילות כלכלית.
אגף תכנון תקצוב ותמחור אחראי על היבטי רגולציה שונים במערכת הבריאות, מרכז את העבודה בנושא חוק ההסדרים, אחראי על ניהול תקציב משרד הבריאות, קובע את התעריפים לכלל מערכת הבריאות הממשלתית והציבורית,
קובע את התעריפים של כלל התרופות המצויות תחת פיקוח משרד הבריאות (תרופות מרשם וללא מרשם) ואכיפתם ועוד..
האגף לביקורת פנים עוסק בבקרות פנימיות על מגוון פעילות המשרד ויחידותיו השונות, מטפל בתלונות של אזרחים שיש בהן חשש לחשיפה של תופעה שלילית נרחבת או לפגיעה בטוהר המידות.
אגף ההסברה מרכז את הפעילות הבינלאומית ואת ההסברה של המשרד. בין היתר האגף יוזם, מתכנן ומארגן את מערכת ההסברה בכתב ובעל-פה ומקיים קשר עם נציגי כלי התקשורת.
המדען הראשי עוסק בגיבוש מדיניות מחקר ופתוח בתחום הרפואי. טיפול והפעלת מערכת למענקי מחקר במדעי הבריאות, ברפואה קלינית ובסיסית ובנושאים פארה-רפואיים ומלגות השתלמות.
