סמכויותיו, פעילויותיו ותפקידיו מוגדרים בחוק הבקרות הפנימית התשנ"ב 1992 ובתקשי"ר.
מבקר הפנים מופקד על האגף לפיקוח פנים. האגף עוסק בבקרות פנימיות על מגוון פעילות
המשרד ויחידותיו השונות, עפ"י תוכנית שנתית מאושרת ע"י המנכ"ל.
מטפל בתלונות של אזרחים שיש בהן חשש לחשיפה של תופעה שלילית נרחבת
או לפגיעה בטוהר המידות.
מבצע חקירות פנימיות הקשורות בטוהר המידות וחשש לעבירות משמעת ו/או פלילים.
מטפל בדוחות מבקר המדינה
