מורכבותה של מערכת הבריאות, העלתה את הצורך בקיומם של מנגנונים מקצועיים שייעצו למנהלי מערכת הבריאות לגבי מדיניות מקצועית רצויה המתאימה לכיוונים החדשניים בתחומי מדע הרפואה, במגבלות המשאבים ובמציאות הקיימת במדינת ישראל.
מנגנונים ארגוניים ומקצועיים מסוג זה, עשויים לשפר ולקדם את איכות מערכת הבריאות בישראל תוך ניצול מיטבי של המשאבים העומדים לרשותה.
תפקיד זה מוטל על המועצות הלאומיות לבריאות, גוף מייעץ להנהלת לצד משרד הבריאות. המועצות הנן גופים מקצועיים, רב-מערכתיים, היועצים להנהלת משרד הבריאות בתחומי הרפואה השונים, ובקבוצות אוכלוסייה שונות, ברובדי המניעה, האבחון והטיפול, ובהיבטים הקונספטואליים, הארגוניים, הרפואיים והלוגיסטיים הקשורים במערכת הבריאות.
המלצות המועצות מובאות לקובעי המדיניות במשרד הבריאות ומתורגמות למדיניות והחלטות ארגוניות ומקצועיות של משרד הבריאות.
